Enfrente del atrio que precede el ingreso de la basílica inferior se encuentra
el ex Oratorio de San Bernardino, construido en la mitad del siglo XV. Tras el
portal, se entra en el Sacro Convento.
La basílica es sede de la Orden Franciscana y una parada fundamental los peregrinos durante su viaje a Italia. Fue construida en el siglo XIII en el lugar que San Francisco de Asís pidió ser enterrado.
El interior de la basílica inferior tiene planta con forma de Tau, símbolo franciscano.
Se entra por el brazo transversal, decorado con pinturas de Cesare Sermei,
Giacomo Giorgetti y Girolamo Martelli, artistas de Umbría del siglo XVII, y que
también trabajaron en la bóveda del presbiterio. Esta parte de la basílica
inferior está hoy destinada al culto eucarístico y a las celebraciones
ordinarias de la Misa.
Recorriendo la nave se llega al
presbiterio que tiene en el centro el solemne altar papal de estilo gótico,
situado justo en correspondencia con la tumba de San Francisco de Asís.