La actual basílica se inició en 1689, su estructura al frente
tiene un gran atrio, con vistosas portadas que muestran columnas jónicas,
escudos de relieve y remates de grandes macetones. El altar principal es de
mármol de Carrara, así como el ciprés con remate que guarda la imagen de la
Virgen de Zapopan, hecha con caña de maíz por indígenas en el siglo XVI. En el
año de 1979, San Juan Pablo II visitó la basílica.
El convento cuenta con diferentes piezas de arte, que van desde la arquitectura misma de la construcción así como pinturas y esculturas. La Virgen de Zapopan, data del siglo XVI y fue realizada por artesanos naturales de Michoacán, La Sagrada Familia de Victoriano Acuña, que desde 1832 se encuentra en la Basílica.
En su atrio pueden admirarse dos esculturas en bronce, una de Fray Antonio de Segovia, quien donó la imagen de la Virgen en el siglo XVI, y otra del Papa Juan Pablo II, con un niño vestido de charro, que representa a Jalisco.